Il museo è ospitato nella chiesa parrocchiale di San Giovanni Battista, situata nel caratteristico borgo antico, con splendida vista sul litorale sottostante. L’edificio medievale, ricostruito dall’architetto Pietro Maggi fra il 1792 e il 1809, fu decorato nel 1911 dal pittore sambenedettese Giuseppe Pauri che ha lasciato nella volta un esempio mirabile della sua feconda vena decorativa. Nel presbiterio si conserva un dipinto di Ubaldo Ricci (secolo XVIII) e i pannelli supersiti di un polittico dovuto a Vittore Crivelli (secolo XV), oltre che un ritratto di Sisto V e uno splendido banco da chiesa in legno dipinto, opera marchigiana del Settecento. Si ammirano, inoltre, una pala d’altare di Vincenzo Pagani (1530-1535 circa), una piccola tavoletta del Pauri raffigurante la Processione del Cristo morto a Grottammare e una Educazione della Vergine di Filippo Ricci (sec. XVIII), un busto di santa Lucia riferito all’ambito scultore berniniano Denis Plouvier. Nella controfacciata, decorato da esuberanti sculture lignee scolpite nel 1600, il meraviglioso organo che accompagna spesso concerti di musica sacra. Oggetto unico per bellezza e storia è, infine, il calice per le celebrazioni liturgiche che Sisto V ha lasciato in eredità al suo paese di origine. Si tratta dell’opera più importante della raccolta, racchiusa in una teca collocata nel fondo della navata. L’opera presenta la scritta seguente: “F.FELIX PERETTVS DE M.A.EP.S.AGAT.” Si tratta dunque di un oggetto relativo agli anni in cui il prelato copriva la carica episcopale a Sant’Agata dei Goti. Molti sono i rimandi di riferimento per quanto riguarda la tipologia del calice di Grottammare, caratterizzato dal nodo allungato che compare nella seconda metà del XVI secolo. Si è immediatamente colpiti dalla semplicità e, nello stesso tempo, dall’eleganza della forma, priva di decorazioni eccessive. Accanto al calice si ammira una medaglia commemorativa della chiesa di Santa Lucia (1590) che Camilla Peretti, sorella del pontefice, fece erigere a Grottammare nel luogo ove nacque il fratello. Il raro oggetto, opera estrema del medaglista fiorentino Domenico Poggini (1520-1590), reca nel recto l’effigie di Camilla e nel verso il prospetto della chiesa.